计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 654|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 分子半径的计算,缺少手册上的指令了

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

67

eV
积分
76

Level 2 能力者

我们需要获得能够扩住这个分子范德华表面(这里用电子密度0.001等值面来定义)的最小盒子尺寸。这可以通过Multiwfn来做。先用Gaussian计算出这个分子的wfn或fch文件,载入进Multiwfn后选
12  //定量分子表面分析
2  //修改被映射的函数
-1  //改为用户自动以函数(计算没有耗时)
0  //开始分析
然后从屏幕的输出中能够找到ρ=0.001定义的分子表面的顶点的X、Y、Z方向上的最小和最大值:
Min-X:     -2.0419  Max-X:    2.0420 Angstrom
Min-Y:     -5.9055  Max-Y:    5.9055 Angstrom
Min-Z:     -3.7916  Max-Z:    3.7916 Angstrom
比如盒子的Z长度就是3.7916*2=7.58埃。


以上为计算步骤,但是我计算过程中,从步骤12直接到0了,没有中间的步骤2和-1,一开始是有2和-1的选项,后面又没有了。想请教一下怎么解决?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-12-2 12:25:44 | 只看该作者 Only view this author
截图说明

引用我博文原话的时候把出处注明,别让别人以为是你写的东西
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

9

帖子

0

威望

67

eV
积分
76

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-2 16:40:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 12:25
截图说明

引用我博文原话的时候把出处注明,别让别人以为是你写的东西

好的 卢博士。下次注意

9

帖子

0

威望

67

eV
积分
76

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-2 16:45:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 12:25
截图说明

引用我博文原话的时候把出处注明,别让别人以为是你写的东西

截图如下,步骤12以后的步骤2不对

微信图片_20231202164353.png (22.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

微信图片_20231202164353.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-12-3 00:52:24 | 只看该作者 Only view this author
BewhY 发表于 2023-12-2 16:45
截图如下,步骤12以后的步骤2不对

怎么不对?屏幕上有选项2,按照我博文说的指令,选它就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 09:47 , Processed in 0.329245 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list