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[GROMACS] 关于聚合物平衡过程增大压力至50bar或更大的合理性?

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请问老师同学们,在聚合物动力学模拟平衡过程中,我看到文献: Macromolecules 2018, 51, 552−563是这样做的:在NPT系综下,用50bar压力平衡10 ns以此加速平衡,随后在1bar下模拟5 μs来进行生产MD。因此我有点费解,这样的操作是否合理,通过高压加速平衡,恢复常压不还要再缓慢弛豫至常压的状态? ;另外如果目标是模拟常温常压的平衡状态,在平衡过程是否可以上升温度至常温以上加速平衡呢?
文献已经上传至附件中,请各位赐教。


微信图片_20231201180443.png (191.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

文中的平衡方法

文中的平衡方法

2018.聚丙交酯和聚羟基丁酸酯的尺度依赖性混溶性:分子动力学模拟.pdf

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发表于 Post on 2023-12-2 04:55:44 | 只看该作者 Only view this author
合理

凝聚相体系可压缩系数普遍非常小,因此50bar控压和1bar控压对应的平衡体积相差不了多少
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-2 14:49:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 04:55
合理

凝聚相体系可压缩系数普遍非常小,因此50bar控压和1bar控压对应的平衡体积相差不了多少

感谢sob老师回复,那可压缩系数小的话增大压力又是如何让体系加速平衡呢老师?高分可以让分子动能增大,高压又是如何加速平衡的嘞,这点还请老师赐教。

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发表于 Post on 2023-12-3 00:50:29 | 只看该作者 Only view this author
liu840397562 发表于 2023-12-2 14:49
感谢sob老师回复,那可压缩系数小的话增大压力又是如何让体系加速平衡呢老师?高分可以让分子动能增大, ...

一开始体系非常稀疏、密度严重偏低,这时候你用明显高于实际外环境的压力控压,自然有助于更快速让体系密度趋近于平衡密度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-3 13:22:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-3 00:50
一开始体系非常稀疏、密度严重偏低,这时候你用明显高于实际外环境的压力控压,自然有助于更快速让体系密 ...

谢谢老师回复,还有一个小疑问想请教您。那会不会有这样的情况:加入一开始我设置的压力较大,比如150bar,导致体系被过于压缩,但后面使用常压模拟,它会不会又很难恢复至正常的状态从而导致模拟数据不准确呢?

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发表于 Post on 2023-12-4 02:58:39 | 只看该作者 Only view this author
liu840397562 发表于 2023-12-3 13:22
谢谢老师回复,还有一个小疑问想请教您。那会不会有这样的情况:加入一开始我设置的压力较大,比如150bar ...

不会很难恢复
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 09:53:53 | 只看该作者 Only view this author

好的好的老师,我明白了 感谢您的回复

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