VMD将Material Studio输出的pdb文件转换成LAMMPS可读的data文件，找不到该文件

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-25 18:05:46

采用 topo

writelammpsdata 文件名.data 命令将Material Studio输出的pdb文件转换成LAMMPS可读的data文

件后，在VMD的安装目录中并没有找到该data文件，请求大牛们解惑。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-25 20:10:02

看屏幕提示，如果转换成功，对于Windows版，就在VMD安装目录下。如果是Linux版，在命令行窗口里运行pwd看当前是什么目录，文件就会在什么目录。

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-25 20:50:17

sobereva 发表于 2019-7-25 20:10
看屏幕提示，如果转换成功，对于Windows版，就在VMD安装目录下。如果是Linux版，在命令行窗口里运行pwd看当 ...

您好，屏幕显示
vmd > topo writelammpsdata zlt.data
Info) writing LAMMPS Masses section.
Info) writing LAMMPS Atoms section in style 'full'.
Info) writing LAMMPS Bonds section.

不知道这是否正常

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-25 21:20:32

szhang_cumtb 发表于 2019-7-25 20:50
您好，屏幕显示
vmd > topo writelammpsdata zlt.data
Info) writing LAMMPS Masses section.

没报错就正常

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-7-26 09:17:17

我之前也遇到过一次这种问题，输出在VMD安装目录里面，发现找不到data文件。用命令行选择一个输出路径（可以放到桌面），就可以找到输出文件了

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-26 09:51:24

zc_charles_li 发表于 2019-7-26 09:17
我之前也遇到过一次这种问题，输出在VMD安装目录里面，发现找不到data文件。用命令行选择一个输出路径（可 ...

收到，谢谢。

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-26 11:05:29

zc_charles_li 发表于 2019-7-26 09:17
我之前也遇到过一次这种问题，输出在VMD安装目录里面，发现找不到data文件。用命令行选择一个输出路径（可 ...

您好，能否把输出路径的命令行发给我呢，谢谢

zc_charles_li · 发表于 Post on 2019-7-29 17:21:53

szhang_cumtb 发表于 2019-7-26 11:05
您好，能否把输出路径的命令行发给我呢，谢谢

我从VMD中导出data文件，是在主面板的extensions中的Tk Console中进行的。打开之后输入cd D:/ 就进入D盘了。再输入topo..导出的data文件就在D盘。你如果要选择其他输出位置的话也还是用cd这个命令，提前选好输出位置再运行topo..。跟Linux系统的操作有点像。

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-8-3 10:36:25

zc_charles_li 发表于 2019-7-29 17:21
我从VMD中导出data文件，是在主面板的extensions中的Tk Console中进行的。打开之后输入cd D:/ 就进入D盘 ...

嗯呢~谢谢

nemolee · 发表于 Post on 2021-5-29 12:36:57

同样遇到过，用管理员权限启动vmd的方式解决了。

funok · 发表于 Post on 2021-7-15 19:12:08

安装位置默认的话，生成文件的路径是：C:\Users\admin\AppData\Local\VirtualStore\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD

liangxf · 发表于 Post on 2023-12-6 08:39:33

本帖最后由 liangxf 于 2023-12-6 08:59 编辑

找不到的话可以试试新建文件夹，VMD TKConsole打开cd到新建文件夹。输入topo writelammpsdata zlt.data（离子型）即可生成data在新建文件夹下。
输出
Info) writing LAMMPS Masses section.
Info) writing LAMMPS Atoms section in style 'full'.
Info) writing LAMMPS Bonds section.
Info) ======================
Info) Please cite TopoTools as:
Info) Axel Kohlmeyer, (2016). TopoTools: Release 1.7
Info) http://doi.org/10.5281/zenodo.50249
Info) ======================

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