分子动力学模拟时，配体被识别成RNA

ccc. · 发表于 Post on 2025-6-18 17:09:02

本帖最后由 ccc. 于 2025-6-18 17:14 编辑

请问一下各位老师：
我做的蛋白质-配体的分子动力学模拟，当进行到添加离子这一步时，我的配体被识别成了RNA，导致我的索引里面没有配体。我做其他的模拟时都是正常的，就这个配体有这个问题。
命令：gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
正常索引为12：other，13：ra2(配体名称）。现在的索引12：RNA
附件为我小分子的文件

ra3.gro (8.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ra3.itp (186.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

student0618 · 发表于 Post on 2025-6-18 19:07:14

需要Other组又确定没RNA的话，简单的workaround就是make_ndx把RNA组改名为Other。用图2的group id就是例如

gmx make_ndx -f ion.tpr -o index.ndx
name 12 other
q

然后grompp 和genion都用 -n index.ndx

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[GROMACS] 分子动力学模拟时，配体被识别成RNA

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