cp2k做aimd不同核数速度测试时增加核数速度变慢

cuihongqiang · 发表于 Post on 2023-11-12 21:58:57

本帖最后由 cuihongqiang 于 2023-11-14 14:22 编辑

我在用64核做cp2k的aimd模拟时，一天可做大约4ps模拟，换成128核时一天只能做大约2ps的模拟，想问下这种情况是不是模拟参数设置有问题

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-13 21:39:55

拿具体输入输出文件说事，说清楚运行命令、运行的软硬件环境

cuihongqiang · 发表于 Post on 2023-11-14 14:30:34

本帖最后由 cuihongqiang 于 2023-11-14 15:21 编辑

sobereva 发表于 2023-11-13 21:39
拿具体输入输出文件说事，说清楚运行命令、运行的软硬件环境

模拟用的是cp2k7.1, cpu型号是AMD EPYC 7H12, 输入文件放在附件里面了，体系是231个原子，输入文件当时是用Multiwfn生成的

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-15 08:12:27

CP2K版本太老，尝试更新的
另外，体系太小，基组也小，用多达128核即便速度比64核不降低，也不会带来什么提升。想跑得更快应当用更高频CPU。核多的机子应当同时跑多个任务以充分利用CPU

cuihongqiang · 发表于 Post on 2023-11-15 10:21:57

sobereva 发表于 2023-11-15 08:12
CP2K版本太老，尝试更新的
另外，体系太小，基组也小，用多达128核即便速度比64核不降低，也不会带来什么 ...

谢谢

cuihongqiang · 发表于 Post on 2023-11-15 11:24:22

sobereva 发表于 2023-11-15 08:12
CP2K版本太老，尝试更新的
另外，体系太小，基组也小，用多达128核即便速度比64核不降低，也不会带来什么 ...

还想要请教下，用gaussian中的ADMP来做这个合不合适，因为我看之前论坛里发的些帖子，感觉Gaussian中的BOMD和ADMP更倾向于查看具体反应的反应路径的动力学，在gaussian里用PBEPBE/6-31+G(d,p)与cp2k中的dzvp-molopt-sr-gth（GTH-PBE）模拟效果是否能达到同级别精度

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-17 01:00:17

cuihongqiang 发表于 2023-11-15 11:24
还想要请教下，用gaussian中的ADMP来做这个合不合适，因为我看之前论坛里发的些帖子，感觉Gaussian中的BO ...

都不知道你算的是什么，没法回答。输入文件里连结构信息都没有

OmegaIn · 发表于 Post on 2023-12-7 17:47:54

你是不是跨节点了，我们学校编译的cp2k就有这个问题，跨节点就特别慢，后来我自己重新编译了一个就好了

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[CP2K] cp2k做aimd不同核数速度测试时增加核数速度变慢