关于peptiderbuilder生成短肽时两端结构问题

bdx · 发表于 Post on 2023-12-8 15:59:47

我需要给peptidebuilder生成的短肽进行一个氢的加，虽然我知道有不少工具能做这个，但是因为要求用纯命令行的方式完成所以用了pdbfixer，但修补完的结构两端看起来不太对，C端是-COO，N端是-NH3，要怎么把两端修补成正常的氨基和羧基？

顺便我也试了论坛里大佬写的封端脚本，但我要用的软件不能识别非标准氨基酸残基，所以可能还是得老老实实修补

附件是建模并补氢的脚本，以及生成的结果

build.py (1.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

test.pdb (8.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2023-12-13 13:42:39

可以尝试用GROMACS加氢

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[蛋白质建模] 关于peptiderbuilder生成短肽时两端结构问题