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[GROMACS] GROMACS均相体系产生相模拟压力变化过大

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请问下各位老师,我在做GROMACS液相体系产生相模拟时,发现模拟过程中体系压力变化较大,如图所示,控压部分关键词如下:
  1. Pcoupl     = parrinello-rahman
  2. pcoupltype = isotropic
  3. tau_p = 5.0
  4. ref_p = 1.0
  5. compressibility = 4.5e-5
复制代码
这问下这正常吗?这种压力的波动会对模拟结果带来啥不利的影响吗?

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喵星人

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发表于 Post on 2023-12-15 02:22:02 | 只看该作者 Only view this author
正常的,你体系大点波动就小些

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发表于 Post on 2023-12-15 09:36:38 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-15 12:52:26 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2023-12-15 02:22
正常的,你体系大点波动就小些

好的 谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-15 12:52:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-15 09:36
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

...

谢谢卢老师,我回去翻讲义

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