求助，跑GaMD时蛋白结构发生变化

路过的一只 · 发表于 Post on 2020-5-27 18:24:33

请问老师&各位大神，我在amber里运行完平衡后结构合理，继续跑了50ns的GaMD equilibration，然后运行了一段100ns的GaMD。发现蛋白的胞外结构发生了变化，本来有一段α螺旋变成了无规则的卷曲……如图，

初始结构（紫色），平衡得到的结构（黄色），和GaMD100ns跑完后的结构（绿色）。

请问老师这是什么原因导致的呢？我应该怎么改正呢……

Christ · 发表于 Post on 2023-12-15 13:09:22

我不了解你的体系，但是如果出现这种变构，我感觉可以单独写一段讨论一下

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[Amber] 求助，跑GaMD时蛋白结构发生变化