使用gmx hbond统计氢键数目出现错误

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-11-25 16:48:35

体系为氯化胆碱+乙二醇（250：500），盒子大小为6*6*6，跑完NPT后，盒子大小为4.62，想要统计一下体系内氢键数目，使用gmx hbond -s md.tpr -f md.xtc -num -nhbdist出现错误：
Fatal error:
your computational box has shrunk too much.
gmx hbond can not handle this situation.sorry.
请问是因为放的粒子数太少了的原因么？可是增加粒子数模拟出的黏度又没有这个准确，应该如何解决呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-26 11:16:40

对盒子尺寸已经平稳的轨迹区间统计氢键

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-11-26 11:35:53

sobereva 发表于 2021-11-26 11:16
对盒子尺寸已经平稳的轨迹区间统计氢键

谢谢老师，可以问下具体的命令操作是什么吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-26 11:57:43

二饼妹发表于 2021-11-26 11:35
谢谢老师，可以问下具体的命令操作是什么吗？

gmx hbonds加上-b和-e选择考虑轨迹哪部分区间

1215839425 · 发表于 Post on 2023-9-25 17:25:11

本帖最后由 1215839425 于 2023-9-25 20:07 编辑

sobereva 发表于 2021-11-26 11:57
gmx hbonds加上-b和-e选择考虑轨迹哪部分区间

老师您好，我对ERK2蛋白与小分子配体做0.002ps*5'000'000步的md后尝试gmx hbond也出现了your computational box has shrunk too much的情况，但不知道盒子何时平稳。
多次尝试改用-b和-e选择区间时，若间隔小于400ps，除num.svg外另外两个文件无法输出，提示：Inconsistency in user input:Empty vector supplied(这个错误提示在搜索引擎上找不到相似案例)；
若间隔>400ps，则还是出现shrunk too much，偶尔还会有段错误的情况，这是我执行的具体命令：gmx hbond -b xxx -e xxx -s md.tpr -f md.xtc -n index_sol.ndx -num hbond_num.xvg -life hbond_life.xvg -ac hbond_ac.xvg
不知道为啥xtc文件越压越大无法上传，我逐帧查看了轨迹动画，发现蛋白与配体整个过程都在持续变动，怀疑还是md不太理想，不知老师能否给些建议？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-26 03:00:59

1215839425 发表于 2023-9-25 17:25
老师您好，我对ERK2蛋白与小分子配体做0.002ps*5'000'000步的md后尝试gmx hbond也出现了your computation ...

压缩xtc毫无意义，仔细看
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

自己从edr文件里提取盒子尺寸信息，grace绘制尺寸随时间变化，自然知道什么时候盒子平衡了

yilan · 发表于 Post on 2023-12-15 21:07:27

你好，请问氯离子和乙二醇之间的氢键怎么计算啊？gmx只能算N、O作为氢键受体的氢键啊？

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[GROMACS] 使用gmx hbond统计氢键数目出现错误