本帖最后由 liuliuliu666 于 2023-12-19 16:15 编辑
大家好，我用amber做动力学遇到Error:failed to generate parameters，应该是和receptor有关，但不知道问题出在哪
以下是我的脚本，做到最下面这一步，对receptor.pdb文件的处理就是改变了69位组氨酸HIS的质子化状态，改成了HIE，最后没有生成receptor.prmtop和receptor.inpcrd文件，希望希望大家不吝赐教，谢谢
module load apps/amber/AmberTools20/hpcx-2.4.1-gcc-7.3.1 source /public/software/apps/amber/amber20_src/amber.sh antechamber -i lig.mol2 -fi mol2 -o lig.prepi -fo prepi -c bcc -rn LIG -pf y parmchk2 -i lig.prepi -f prepi -o lig.frcmod pdb4amber -i com-noh.pdb -o com.pdb --reduce
tleap
source leaprc.protein.ff14SB source leaprc.gaff source leaprc.water.tip3p loadamberprep lig.prepi loadamberparams lig.frcmod set default PBRadii mbondi2
lig=loadpdb sqm.pdb com = loadpdb com.pdb receptor=loadpdb receptor.pdb saveamberparm lig lig.prmtop lig.inpcrd saveamberparm com com.prmtop com.inpcrd saveamberparm receptor receptor.prmtop receptor.inpcrd 附件是我的相关文件 | 
发表于 Post on 2023-12-19 13:40:19
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