求助：通过量化计算的方法得到粗粒化力场的可行性

cszdkz

本人是做分子动力学模拟的，希望将COF上的基团进行粗粒化处理，比如说-COOH粗粒化成一个珠子，来提高动力学的计算速度。
我现在通过Gaussian，通过势能面扫描不断改变两个甲酸的距离，计算两个甲酸体系的总能量，减去两个甲酸分子的能量得到相互作用能，并绘制得到LJ势能曲线图，通过12-6势函数来计算近似得到σ和ε。
我只需要得到粗糙，能描述这个基团的参数就行，这种方式得到粗粒化力场可行吗？并且不同的基团极性不同，基团的极性能否通过调节珠子的σ或ε来改变吗？

sobereva

体系多少原子？什么程序？有什么必要冒着被审稿人质疑的风险、花很多折腾的时间成本而非要用粗粒化？

cszdkz

sobereva 发表于 2023-12-22 01:57
体系多少原子？什么程序？有什么必要冒着被审稿人质疑的风险、花很多折腾的时间成本而非要用粗粒化？

老师，我是使用lammps希望进行高通量计算的，整个体系7千个原子左右。
将基团粗粒化后，我可以通过只修改珠子参数，来得到不同的COF模型，可以实现通过修改参数来快速调节孔径等，在建立模型方面也会快捷很多。并且我也需要提升计算速度，需要计算大量数据来得到机器学习的输入参数。

slxc920113

cszdkz 发表于 2023-12-22 08:42
老师，我是使用lammps希望进行高通量计算的，整个体系7千个原子左右。
将基团粗粒化后，我可以通过只修 ...

7000多个原子，全原子的MD完全跑得动，而且不需要太多时间。如果是4090的GPU加速的话，跑1ns大约就10分钟。

cszdkz

slxc920113 发表于 2023-12-22 09:43
7000多个原子，全原子的MD完全跑得动，而且不需要太多时间。如果是4090的GPU加速的话，跑1ns大约就10分钟 ...

谢谢回复，我去考虑如何使用gpu加速，之前确实没尝试过。
但我希望粗粒化，主要想实现高通量计算，通过快速修改参数，来实现基团种类的改变。

sobereva

我很不建议这种体系搞粗粒化
比如“-COOH粗粒化成一个珠子”，这就会丧失重要信息。羧基既可以作为氢键给体，也可以作为氢键受体，弄成一个珠子就完全丧失了这样的信息。除非你对于这种原子级别的相互作用确实不关心。然而COF之类体系经常研究的是吸附之类和弱相互作用关系很大的问题，这种信息又没法忽略