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[综合讨论] 多原子阴离子怎么计算msd?

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楼主
请问一下,cp2k模拟完轨迹之后怎么对阴离子计算msd。比如Zn离子计算msd的时候只有一个原子,很好定义。而SO4离子应该怎么定义呢,是将SO4这五个原子定义为一个整体,还是可以直接用其中的某一个原子计算msd呢?

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发表于 Post on 2023-12-21 03:39:10 | 只看该作者 Only view this author
用S计算就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-21 10:43:12 | 只看该作者 Only view this author

社长,那如果是像OTF-(三氟甲基磺酸锌)这样的离子呢,是不是也取S计算也可以的?

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发表于 Post on 2023-12-22 01:42:51 | 只看该作者 Only view this author
linyushuang 发表于 2023-12-21 10:43
社长,那如果是像OTF-(三氟甲基磺酸锌)这样的离子呢,是不是也取S计算也可以的?

取一个靠中心的原子就行,或者对质心计算MSD。对于描述离子整体运动的效果基本一样
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