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[GROMACS] 关于editconf命令添加盒子用-d的问题

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楼主
请问下大家,gromacs用editconf命令添加盒子的时候选择了-d 1.2,但是看生成的pdb中原子有贴在盒子边界处的,-d不是指原子到盒子边界的最小距离小于1.2nm吗?为什么还会出现这种情况呢?我用的三斜盒子

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发表于 Post on 2023-12-21 03:46:09 | 只看该作者 Only view this author
用矩形盒子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-21 10:37:38 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,我用了矩形盒子以后也会出现这种情况呢

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发表于 Post on 2023-12-22 01:42:08 | 只看该作者 Only view this author
xuxu 发表于 2023-12-21 10:37
sob老师,我用了矩形盒子以后也会出现这种情况呢

把输入文件上传,贴出你的editconf定义矩形盒子的命令,以及得到的文件
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