关于sobtop构建金属蛋白以及配体的疑问

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各位老师好 我想问一下 比如对于金属蛋白利用sobtop建立拓扑文件时 将金属簇挖出来进行gaussian优化与频率计算 然后将优化后的结构保存为mol2文件 然后进行resp电荷计算 此时chg文件中的原子坐标采用优化后的结构 我的第一个疑问是 优化后坐标不是变了吗？然后我将优化后mol2文件用pymol打开并加载入原始pdb结构发现簇模型中氨基酸残基都不在原来的位置       还有就是利用优化后的mol2文件用sobtop生成的gro文件坐标也是变化的 还是利用优化前的mol2文件进行sobtop的输入  这个优化前的mol2文件要不要按照优化后的mol2文件在gaussview中将与金属离子成键的原子之间的键加上？  可能我的理解和操作有问题 希望有老师可以解答一下 谢谢啦！

sobereva

好好用标点符号

优化后坐标当然会变，不变才新鲜

甭管gro文件，又用不上

gview打开mol2文件，确保该有的键都有，没有就自己加上再保存mol2文件