请问怎么用make_ndx模块为有机分子建立索引文件

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-10-8 15:13:18

本帖最后由深爱小李于 2022-10-8 15:20 编辑

1、我模拟的MD体系里有6分子MnO2和8分子有机分子（WW），剩下的都是水。做完动力学后我想分析有机分子的RMSD和gyrate，请问怎么建立索引单独分析有机分子呢？2、如果体系内除了水只有有机分子，是不是选择Other就可以了呢？
3、比如运行 gmx make_ndx -f WW.gro -o WW.ndx 后出现的界面该怎么选择呢，才能为有机分子WW建立索引文件呢？
4、建立了索引文件后，需要在做模拟前就加入mdp文件中吗，还是做完MD模拟后，分析时再建立也是可以的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-8 19:54:05

我的GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的例子，举一反三

mdrun期间如果不涉及自定义的组就跟mdp没关系

之后的分析如果需要自定义组的信息，到时候再用-n指定索引文件

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-10-8 20:56:38

sobereva 发表于 2022-10-8 19:54
我的GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的例子，举一反三

谢谢老师 r和a都是选择原子请问怎么将有机分子归为一组从而选择所有有机分子的原子呢另外我的有机分子也在体系内做mdrun 所以是需要先设置好索引然后NVT平衡、NPT平衡、MD都需要更改mdp文件中的tc-grps吗

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-10-8 21:53:20

深爱小李发表于 2022-10-8 20:56
谢谢老师 r和a都是选择原子请问怎么将有机分子归为一组从而选择所有有机分子的原子呢另外我的有机分子 ...

gromacs能识别的都会自动分组，不能识别的只能手动设置，tc-grps中的group如果不是gromacs自动识别的，就需要在ndx文件提前设置

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-10-9 08:44:15

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-8 21:53
gromacs能识别的都会自动分组，不能识别的只能手动设置，tc-grps中的group如果不是gromacs自动识别的，就 ...

噢噢好的谢谢我再研究一下

王子璇 · 发表于 Post on 2022-10-19 14:19:56

深爱小李发表于 2022-10-9 08:44
噢噢好的谢谢我再研究一下

请问现在问题解决了吗？我也有相同的疑惑，可以把你的索引文件展示一下不

moondryad · 发表于 Post on 2022-10-19 16:14:55

你可以试一下在gro里面就做区分，比如说1mol改成1XXX，再来分就很舒服了。

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-10-19 18:07:39

王子璇发表于 2022-10-19 14:19
请问现在问题解决了吗？我也有相同的疑惑，可以把你的索引文件展示一下不

我后面没有再建索引

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-10-19 18:08:54

moondryad 发表于 2022-10-19 16:14
你可以试一下在gro里面就做区分，比如说1mol改成1XXX，再来分就很舒服了。

gro文件里不是只有分子坐标吗那该怎么分呀

moondryad · 发表于 Post on 2022-10-20 11:25:56

深爱小李发表于 2022-10-19 18:08
gro文件里不是只有分子坐标吗那该怎么分呀

gro文件第一列，残基有残基，水有水，小分子有小分子。

xiaohaha123 · 发表于 Post on 2023-12-29 11:33:47

你好，我在生理盐水中放入两个蛋白分子，如何提取这两个蛋白分子之间的作用力，蛋白与盐溶液的作用力，如何建立每个蛋白的索引

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