求助：Gromacs中计算的蛋白质与配体的结合自由能和吉布斯自由能的关系是什么？

吃西瓜的佩奇

老师好，学生最近需要计算主客体结合过程中的吉布斯自由能，现遇到了如下的问题请教老师：
1. 通过”炼金术热力学循环“计算蛋白质与配体的结合自由能，是否就是蛋白质与配体结合过程中的吉布斯自由能呢？
2. 在您的讲义中包含吉布斯自由能公式，需不需要将主客体结合的状态1到状态2的转变过程生成N个中间态后，通过计算每个中间态的内能等参数，结合公式计算吉布斯自由能呢？
3. 若模拟的盒子中除了主客体与溶剂环境，还存在不需要考虑的第三种分子，这第三种分子的作用可以忽略还是不能添加至盒子中呢？
问题有些多，十分感谢老师！

sobereva

1 分清楚吉布斯自由能，和吉布斯自由能的变化，对于过程显然只能说变化
是吉布斯自由能的变化

2 有大把的TI、FEP算蛋白质-配体结合自由能的文章，里面都有公式和具体说明

3 看这种分子是否明显对结合产生影响，没直接影响的随便游离的分子可以忽略。