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[GROMACS] 求教羧基周围水分子的径向分布函数绘制方法

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体系介绍:表面活性剂分子吸附在油水界面,表活剂分子中带有-COOH,目的是计算羧基周围水分子分布的径向分布函数
我采取的步骤:
1、创建-COOH索引gmx make_ndx -f xx.gro -o xx.ndx,选择a O5 O6 H30 C37
2、计算RDF,gmx rdf -f traj_comp.xtc -s npt.tpr -ref "group 6" -sel "resname water" -pbc -o h2o.xvg -n cooh.ndx
最终得到的图如下


模型相同,文献里别人的图如下

求助我的方法哪里有问题,如何打到我的目的获得文献里这样的图?

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公社社长

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发表于 Post on 2024-4-24 07:02:01 | 只看该作者 Only view this author
先试试只考虑一个COOH得到的rdf是什么情况,别一次把所有表面活性剂的COOH都纳入进去。而且从文献的示意图看,参考组取的是羧基碳,而不是所有羧基原子
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3#
发表于 Post on 2024-4-24 19:30:55 | 只看该作者 Only view this author
你的这个图看起来是对rdf进行了积分啊。

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发表于 Post on 2024-4-24 19:32:50 | 只看该作者 Only view this author
而且你这个积分出来的两个平台,看起来是跟你参考文献的图的两个峰的位置比较吻合。

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5#
发表于 Post on 2024-6-17 14:04:13 | 只看该作者 Only view this author
喝杯热水 发表于 2024-4-24 19:32
而且你这个积分出来的两个平台,看起来是跟你参考文献的图的两个峰的位置比较吻合。

你好,我算rdf也算出来跟楼主类似的图,所以也是进行了积分吗,怎么样才能不积分,得到上面参考文献那种图呢?

本版积分规则 Credits rule

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