amber力场中哪一个算二面角的对？

molcal · 发表于 Post on 2016-10-17 00:20:28

本帖最后由 molcal 于 2016-10-17 00:23 编辑

谁能帮你解释一个amber力场的问题吗，
1. amber16 manual 第235页写的amber 力场二面角部分是Vn

2. 而原始文献公式1： https://dx.doi.org/10.1021%2Fja00124a002
，看不到原文的，可以下载原始论文附件，写的是1/2 Vn, 这两个哪一个对？

或者说amber的最终力场参数文件比如gaff力场文件parm99.dat，最终使用了哪一个公式算的？

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-17 00:46:31

都对。
原文和parm99里给出的系数值相同，即前者给出的值对应原文里的V/2，后者给的就是手册式子里的V

jackie · 发表于 Post on 2016-10-17 12:42:36

现在amber一系列的力场几乎都是Vn/2来做的二面角参数

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