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[Molclus] 求助:搜索构型初始优化用MOPAC或xtb有没有很大的差别

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1. 在初始优化这一步选用MOPAC或xtb区别大吗?我只有MOPAC一个程序,看现在好像xtb用的更多。如果是初始优化的话,应该用哪个程序都差不多吧。

2. 另外我看molclus的setting里xtb的调用方式应该是linux的,我这边只有windows的Gaussian09用来做最终优化,有没有能用windows版molclus调用xtb的方法?

3. 如果用MOPAC的话,半经验方法选哪个好?PM6-D3H4还是PM7?


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发表于 Post on 2022-5-3 06:43:56 | 只看该作者 Only view this author
1 关键要说理论方法
诸如MOPAC里PM7比xtb里GFN0-xTB强得多,但能量计算整体没GFN2-xTB好,而在有机体系几何优化的精度上半斤八两
脱离理论方法、任务、体系说程序的精度、速度,则毫无意义

2 装个vmware虚拟机就完了,简单得很
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html

3 半斤八两。如果牵扯到弱相互作用能的精度问题,PM6-D3H4比PM7更好点。如果牵扯到卤键,应当用PM6-D3H4X

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-3 09:21:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-3 06:43
1 关键要说理论方法
诸如MOPAC里PM7比xtb里GFN0-xTB强得多,但能量计算整体没GFN2-xTB好,而在有机体系几 ...

不过用来评价配体/生物大分子结合能的时候PM6-D3H4/COSMO比GFN2-xTB/GBSA好一些也稳定一些

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-3 16:43:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-3 06:43
1 关键要说理论方法
诸如MOPAC里PM7比xtb里GFN0-xTB强得多,但能量计算整体没GFN2-xTB好,而在有机体系几 ...

sob老师,我用GFN0-xTB、GFN2-xTB和PM6-D3H4分别对genmer生成的100个二聚体进行初始优化,发现结果区别很大。GFN2-xTB算出的能量最低感觉应该是最可信的,MOPAC算出的能量和别的都差了几个量级,是不是哪里出问题了?

xtb结果0.png (130.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

GFN0-xTB

GFN0-xTB

xtb结果2.png (123.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

GFN2-xTB

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发表于 Post on 2022-5-3 16:47:07 | 只看该作者 Only view this author
kurohimx 发表于 2022-5-3 16:43
sob老师,我用GFN0-xTB、GFN2-xTB和PM6-D3H4分别对genmer生成的100个二聚体进行初始优化,发现结果区别很 ...

绝对能量不能直接对比

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发表于 Post on 2022-5-4 07:18:16 | 只看该作者 Only view this author
对比能量没啥意义,不同的方法得到能量会差别很大,有意义是的不同方法得到结构是否一致

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发表于 Post on 2022-5-4 09:40:52 | 只看该作者 Only view this author
kurohimx 发表于 2022-5-3 16:43
sob老师,我用GFN0-xTB、GFN2-xTB和PM6-D3H4分别对genmer生成的100个二聚体进行初始优化,发现结果区别很 ...

只有不同构型相对能量有意义
PM6-D3H4方法给出来的能量物理意义是标况下生成焓,跟GFN-xTB给出来的没有可比性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-4 14:12:32 | 只看该作者 Only view this author
谢谢各位老师,我打算把这几种方法都用gaussian做最终优化对比一下最终结果的构型区别

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