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[GROMACS] 关于模拟烷烃的力场选择问题

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各位老师,想研究烷烃体系、烷烃-聚合物体系和烷烃-纳米粒子界面的一些性质,探究聚合物及纳米粒子对烷烃的影响,选择哪个力场会比较准确呢。
看了一些文献,大多用opls-aa力场,有少部分用gromos力场,用gaff力场的几乎没有。
建立gaff和opls-aa力场下的分子拓扑文件分别可以用sobtop和autoff工具,很方便;建立gromos力场下的分子拓扑文件,用atb很有局限性,没有一些长链烷烃的数据,也不能根据自己构建的分子去生成拓扑文件。

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发表于 Post on 2023-9-7 16:57:46 | 只看该作者 Only view this author
纯烷烃聚合物,其实用TraPPE-UA很合适,计算量也小。

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发表于 Post on 2023-9-7 17:00:33 | 只看该作者 Only view this author
另外就是L-OPLS这个OPLS-AA的力场补丁也专门针对长烷烃链做了修正。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-7 17:21:35 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-9-7 17:00
另外就是L-OPLS这个OPLS-AA的力场补丁也专门针对长烷烃链做了修正。

不是纯烷烃,主要是研究烷烃和其他聚合物、纳米颗粒的一些吸附现象。这样的话用lopls力场应该是最好的吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-7 18:17:25 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-9-7 17:00
另外就是L-OPLS这个OPLS-AA的力场补丁也专门针对长烷烃链做了修正。

老师,L-OPLS力场的原始文献应该是这个吧Siu SWI, Pluhackova K, Böckmann RA. Optimization of the OPLS-AA Force Field for Long Hydrocarbons. Journal of Chemical Theory and Computation 2012;8(4):1459-70.

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发表于 Post on 2023-9-7 23:36:12 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop基于GAFF2构建不会有什么问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-8 09:03:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-7 23:36
用sobtop基于GAFF2构建不会有什么问题

收到,之前用gaff有些性质差的比较远,所以问问别的力场

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发表于 Post on 2023-9-8 09:59:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-7 23:36
用sobtop基于GAFF2构建不会有什么问题

sob老师,现在sobtop默认产生的力场是基于GAFF的还是GAFF2的?

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发表于 Post on 2023-9-8 14:34:07 | 只看该作者 Only view this author
adong 发表于 2023-9-8 09:59
sob老师,现在sobtop默认产生的力场是基于GAFF的还是GAFF2的?

想用GAFF2就自行把ambertools里的gaff2.dat里的参数拷到bonded_param.dat和LJ_param.dat就完了
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发表于 Post on 2024-2-28 19:50:41 | 只看该作者 Only view this author
想问一下大家,对于烷基环烷烃这类用TraPPE-UA力场合适嘛,在TraPPE-UA上没找到适合这类型的

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发表于 Post on 2024-2-29 21:57:39 | 只看该作者 Only view this author
再问个问题,oplsaa力场对于烷基环烷烃和烷烃的参数难道是一样的嘛,我看文献并没有单独强调环烷烃参数

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