COF结构解析有所偏差难以正交化，如何合理建模跑动力学

naoki · 发表于 Post on 2022-7-29 23:02:56

本来是想通过xrd解出来的cif文件切个正交盒子用于动力学模拟，但是目前解出来的晶胞参数难以正交化，理论上应该是六方晶系，但是目前有所偏差。是xrd精修没做好吗，还是说我应该自己建模跑动力学而不是从xrd解析的结构出发。想请教一下大家对于这类问题一般怎样处理，谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-30 02:05:05

可以试试用atomsk程序转成正交晶胞，很简单。之前论坛里我回复过

naoki · 发表于 Post on 2022-7-30 13:12:03

sobereva 发表于 2022-7-30 02:05
可以试试用atomsk程序转成正交晶胞，很简单。之前论坛里我回复过

感谢sob老师回复~我之前检索到您有关atomsk的回复了，尝试之后发现它提示：
X!X ERROR: unable to find an orthogonal cell from initial cell vectors.
X!X ERROR: there were errors while applying options.
\o/ Program terminated successfully!
   Total time: 1.664 s.; CPU time: 25.547 s.
  ___________________________________________________
|  X!X ERRORS: 1                               |
|___________________________________________________|
感觉可能是由于我这晶体的三个角度比较离谱，导致正交变换需要构建非常大的胞而报错。我在M$里先切出一个垂直的角度后，倒是能用atomsk正交化，虽然弄出来比较丑陋，但应该也能用吧

get-it · 发表于 Post on 2022-7-30 17:59:39

能不能直接把角度改成90，90，60，然后切正交晶胞

naoki · 发表于 Post on 2022-7-30 18:07:13

get-it 发表于 2022-7-30 17:59
能不能直接把角度改成90，90，60，然后切正交晶胞

感谢回复，我试了下感觉三个角度都改的话对结构影响较大，COF会在盒子内翘起来一点。我先切了0 0 -1到垂直，再用atomsk，好像还凑合能用。。。结果如三楼，我先试试看下面的步骤能否顺利进行

thor · 发表于 Post on 2024-7-5 16:37:34

naoki 发表于 2022-7-30 18:07
感谢回复，我试了下感觉三个角度都改的话对结构影响较大，COF会在盒子内翘起来一点。我先切了0 0 -1到垂 ...

能这样吗

naoki · 发表于 Post on 2024-7-5 22:37:47

thor 发表于 2024-7-5 17:37
能这样吗

不太行有问题从头建模+atomsk切吧

thor · 发表于 Post on 2024-7-5 22:46:06

naoki 发表于 2024-7-5 22:37
不太行有问题从头建模+atomsk切吧

用的别人DFT优化的结果，还以为直接可以这样建模，不过我弄的看起来没翘起来

二分音符 · 发表于 Post on 2024-7-5 23:23:16

好奇问下，非正交晶胞会影响哪些功能？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2024-7-6 08:57:32

你用reflex精修的？还是用别的软件，能否告知？可有教程？

naoki · 发表于 Post on 2024-7-6 13:01:25

zyj19831206 发表于 2024-7-6 09:57
你用reflex精修的？还是用别的软件，能否告知？可有教程？

不是我修的合作方修的我也不太懂这个

naoki · 发表于 Post on 2024-7-6 13:04:55

thor 发表于 2024-7-5 23:46
用的别人DFT优化的结果，还以为直接可以这样建模，不过我弄的看起来没翘起来

啊我记忆出现偏差了，两年前做的有点记岔了，这个用的是精修后的结果做的。只要能切出来，周期性没问题就可以吧

naoki · 发表于 Post on 2024-7-6 13:14:35

二分音符发表于 2024-7-6 00:23
好奇问下，非正交晶胞会影响哪些功能？

可能引起MD过程的计算效率会下降，和模拟盒子内其他组分的建模适配性差，半各向异性控压、位置限制或者冻结某方向的运动的兼容性不好

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