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[Material Studio] 关于有机分子在水溶液中的聚集的模拟

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楼主
请大家帮帮忙
我们实验中得到一种小分子在水中会聚集成纳米粒子。我们想利用分子动力学的方法来模拟一下这个过程,以及分析一下这个过程中的主要作用力是什么。
不知道MS有没有这样的功能?

我的初步构想是:建立一个水盒子,然后把这种分子丢进去,利用动力学模拟看是怎么变化的。 不知道这样的思路对不对?
还请各位老师帮帮忙!
谢谢!

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发表于 Post on 2014-12-15 18:00:30 | 只看该作者 Only view this author
模拟过程就是这种做法,没问题,不管是哪个动力学程序都得这样做。
不过MS速度偏慢,分析方面不够灵活,如果不是必须用MS(比如要用COMPASS之类MS自带的力场,必须用MS的图形界面等等),不妨考虑gromacs等程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-16 11:08:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-15 18:00
模拟过程就是这种做法,没问题,不管是哪个动力学程序都得这样做。
不过MS速度偏慢,分析方面不够灵活,如 ...

谢谢sob老师!

我以前没有用过gromacs 请问这个软件自学难度大吗?

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发表于 Post on 2014-12-16 17:16:49 | 只看该作者 Only view this author
gmx是目前用得最多的MD程序,虽然肯定比起MS这样纯图形界面的要学的东西多,但也不算太难。
PS:明年科音会开展gromacs的培训
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2014-12-17 09:00:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2014-12-16 17:16
gmx是目前用得最多的MD程序,虽然肯定比起MS这样纯图形界面的要学的东西多,但也不算太难。
PS:明年科音 ...

谢谢,sob老师!
期待gromacs的培训!:)

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