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[GROMACS] 请教:Gromacs中OPLSAA力场书写[atomtypes]的name时是否必须以opls_xxx的形式

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如题,请教:Gromacs中OPLSAA力场书写[atomtypes]的name时是否必须以opls_xxx的形式,可否随意设置name名称?比如设置为第二列的名字

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发表于 Post on 2024-1-9 08:54:02 | 只看该作者 Only view this author
atomtypes的第一列和itp文件的molecule字段的atom type需要保持一致,因为程序是根据名称查找LJ参数的,其他没有要求,你就是写成1,2,3,4都可以。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-9 15:18:25 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-1-9 08:54
atomtypes的第一列和itp文件的molecule字段的atom type需要保持一致,因为程序是根据名称查找LJ参数的,其 ...

好的,感谢

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发表于 Post on 2024-1-19 03:15:24 | 只看该作者 Only view this author
opls_作为开头是OPLS-AA力场的习俗,不建议改变,虽然可以改
第二列是bond type,是OPLS-AA特有的,不建议改成这个,会造成混淆
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-19 23:09:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-19 03:15
opls_作为开头是OPLS-AA力场的习俗,不建议改变,虽然可以改
第二列是bond type,是OPLS-AA特有的,不建议 ...

sob老师, 对于GAFF力场第二列是不是不重要,我看有的写bond_type同atomtypeName, 有的写atom Number?

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发表于 Post on 2024-1-20 06:48:52 | 只看该作者 Only view this author
adong 发表于 2024-1-19 23:09
sob老师, 对于GAFF力场第二列是不是不重要,我看有的写bond_type同atomtypeName, 有的写atom Number?

GAFF没有bond_type的概念,直接就根据原子类型确定参数,不需要像OPLS-AA那样需要先映射到bond_type再确定成键项参数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-20 21:53:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-20 06:48
GAFF没有bond_type的概念,直接就根据原子类型确定参数,不需要像OPLS-AA那样需要先映射到bond_type再确 ...

谢谢sob老师

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