求助，模拟体系出现混合溶剂分层现象

zhijiu

各位老师好，我用packmol去构建了PEG+水+核酸+离子的混合溶液盒子作为初始结构跑模拟，初始结构溶剂和离子分布都比较均匀，但是跑轨迹时，出现了一个问题，PEG和水，离子，核酸不混溶，离子在盒子的分布不均匀，我的PEG力场使用amber+antechamber生成的，读取的ff14SB+GAFF力场参数，电荷用resp拟合。DNA用的bsc1力场，水分子用的TIP3P，离子参数来自Jounga and Cheatham。为什么会有这种情况？应该如何解决？正常来说，peg的水溶性应该很好。我仿照他人文献做的结构文件和力场文件。红色的是水分子，蓝色的是peg，圆球是离子

sobereva

除非模拟设置不合理，否则肯定是参数原因

先尝试跑PEG+水，看什么情况，如果能充分溶解，再尝试跑PEG+水+离子

如果发现离子参数不理想，可以尝试其它的，诸如KBFF等

zhijiu

sobereva 发表于 2024-1-25 04:37
除非模拟设置不合理，否则肯定是参数原因

先尝试跑PEG+水，看什么情况，如果能充分溶解，再尝试跑PEG+水 ...

好的，明白了，谢谢老师