求助，已知蛋白序列，如何构建与CU2+的配位？

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-1-29 11:20:18

本帖最后由 dayu8278 于 2024-1-29 11:22 编辑

各位大佬好，我有一段蛋白，其一级序列为VPGKGVPGKGVPGKGVPGKGVPGKGVPGVGFGAILSS重复12次，该序列采用alpha fold 2预测的结构如下：

其中我把每段重复序列中两个Serine位置用蓝色标记出来。实验发现，Cu2+可以与两个Serine主链上的N与第二个Serine侧链上的O发生配位，如图：

N用蓝色小球表示，红色小球为O。

如果我利用MCPB.py把Cu2+手动放置在Ser1和Ser2附近，然后利用MCPB.py建模是否可以？或者我看Sob老师的Sobtop是否也可以用于处理此类问题呢？我主要是想采用MCPB.py构建配位完毕后利用gromacs跑下MD观察Cu2+与Serine配位对蛋白结构稳定性的影响。

本人在这方面纯纯小白，只跑过Amber教程上的Fe与咱们网站上Zn的配位。多谢各位

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[GROMACS] 求助，已知蛋白序列，如何构建与CU2+的配位？