CP2K晶体结构优化变形扭曲

WenqiHan · 发表于 Post on 2024-1-31 19:28:29

老师好，自己合成制备了一个分子，目前没有标准的cif文件，但寻找文献找到了一个类似的，在此基础上自己用Gaussview替换掉了周围的六元环，在CP2K上做结构优化，由于是自己手动修改的，替换的五元环部分坐标应该失真比较严重，图中右图是目前做变胞优化200步后的结果，想请教几个问题：1. 这种基于一个已知cif修改来实现自己构造模拟分子结构的思路是否可行？2. 在进行直接优化前有没有什么合适的手段能初步优化一下分子结构，使得分子结构整体能够符合Gaussian优化后的构型。3. 在优化后，晶胞外明显多出了分子会是什么原因呢？（推测是自己构造新的晶胞时，原先的a, b ，c轴初始没有将整个分子涵盖进去，类似于真空层不够，不知道这个推断是否合理，或者有什么参数上设置的不合理，还请指导），对此，有什么合适的方法可以避免吗？在此附上进行结构优化标准CIF，自己的配置文件。感谢解答

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-1 04:07:32

1 一般不可行，结构的稍微改变都可能明显影响实际晶体结构，只是自己手动修改一下然后重新优化体系的话，很可能得到的只是能量较高的亚稳态晶体结构。

2 语义不明。又不是算孤立体系，跟Gaussian没关系

3 VESTA的显示问题，多显示出了镜像而已。用Multiwfn或gview显示没这个问题

WenqiHan · 发表于 Post on 2024-2-1 11:10:13

sobereva 发表于 2024-2-1 04:07
1 一般不可行，结构的稍微改变都可能明显影响实际晶体结构，只是自己手动修改一下然后重新优化体系的话，很 ...

谢谢社长解答，那我就不在上面费功夫了

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