新手 ORCA运行中mpirun问题

wlgwhr · 发表于 Post on 2024-2-14 11:52:20

本帖最后由 wlgwhr 于 2024-2-14 12:04 编辑

sob老师之前已经提到过的mpirun的root问题，但是在运行欢乐102老师的chatgpt新脚本的时候仍然出现以下错误：
mpirun was unable to launch the specified application as it could not access
or execute an executable:

Executable: /home/ubuntu/orca504/orca_gtoint_mpi.exe
Node: ubuntu-desktop

while attempting to start process rank 0.
以下语句也已经输入/.bashrc中了export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

似乎mpirun仍然无法正常运行，请老师们多多指教！不胜感激！！

服务器的openmpi版本为4.1.1，ORCA版本为5.0.4，版本应该没问题，刚刚尝试了一下，mpirun运行openmpi中的example文件也会报错，不知道是什么原因。。。

abin · 发表于 Post on 2024-2-14 16:35:01

#!/bin/bash
#Submit this script with: sbatch thefilename
#SBATCH --time=720:00:00 # walltime
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --nodes=1 # number of nodes
#SBATCH --mem=50G # memory per node
#SBATCH -J "orca" # job name
#SBATCH --partition=vasp # do not change
#SBATCH --qos=vasp # do not change
# set input file name here
export FullNameInputFile=benzene-Br-TD-PBE0-SP.inp
jobname=`echo ${FullNameInputFile} | cut -f 1 -d. `
export RSH_COMMAND="/usr/bin/ssh -x"
# LOAD MODULES, INSERT CODE, AND RUN YOUR PROGRAMS HERE
ulimit -d unlimited
ulimit -s unlimited
ulimit -t unlimited
ulimit -v unlimited
export SLURM_EXPORT_ENV=ALL
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
username=`whoami`
### here, suppose /tmp is the I/O storage.
ORCA_RUNDIR=/tmp/${username}.${SLURM_JOB_ID}
if [ ! -a $ORCA_RUNDIR ]; then
echo "Scratch directory $ORCA_RUNDIR created."
mkdir -p $ORCA_RUNDIR
fi
cp -r $SLURM_SUBMIT_DIR/* $ORCA_RUNDIR
cd $ORCA_RUNDIR
export EXE="/opt/hpc4you/apps/orca/orca_v5.0.4.EXE"
echo "Starting ORCA run at `hostname` on:" `date` >> ${SLURM_JOB_ID}.log
${EXE} ${jobname}.inp > ${jobname}.out &
PID=$!
while kill -0 $PID 2> /dev/null; do
rsync -av --exclude=*.inp --exclude=*.tmp --exclude=oldorb.gbw ${ORCA_RUNDIR}/* $SLURM_SUBMIT_DIR &> /dev/null
sleep 5
done
echo "Finished ORCA run at `hostname `on:" `date` >> ${SLURM_JOB_ID}.log
cat $SLURM_JOB_NODELIST >> ${SLURM_JOB_ID}.log
mv $ORCA_RUNDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR
rm -fr $ORCA_RUNDIR

复制代码

Refer:
https://gitee.com/hpc4you/redstar/tree/master/scripts

下载即用的ORCA 无需安装任何MPI
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 18&fromuid=4791
(出处: 计算化学公社)

wlgwhr · 发表于 Post on 2024-2-14 16:51:25

本帖最后由 wlgwhr 于 2024-2-14 17:30 编辑

abin 发表于 2024-2-14 16:35
Refer:
https://gitee.com/hpc4you/redstar/tree/master/scripts

感谢！！我试一下给您回复

还有一个问题就是我原来安装的ORCA需要卸载嘛，卸载的话应该如何卸载！感谢您的指点！

Aletyx · 发表于 Post on 2024-2-15 02:16:04

wlgwhr 发表于 2024-2-14 16:51
感谢！！我试一下给您回复

还有一个问题就是我原来安装的ORCA需要卸载嘛，卸载的话应该如何卸载！感谢 ...

建议了解一下Linux里面的环境变量。只需要把原来ORCA可执行文件的目录移出PATH即可

abin · 发表于 Post on 2024-2-15 10:50:40

wlgwhr 发表于 2024-2-14 16:51
感谢！！我试一下给您回复

还有一个问题就是我原来安装的ORCA需要卸载嘛，卸载的话应该如何卸载！感谢 ...

"下载即用“.

如果你仔细看, 里面应该有描述, 无视系统上已经存在的各种MPI环境.

需要机器具有apptainer.

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