拉伸模拟天青蛋白，如何预测模拟时长？

yolo-bike · 发表于 Post on 2024-2-19 11:22:49

使用天青蛋白（pdb:4azu）进行拉伸模拟，但是运行时间过长（超过30h），现有的硬件设备有限，有没有一种方法可以预测模拟时长，请前辈赐教

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-19 14:27:20

耗时随模拟步数线性增长。对于总共要模拟的步数已知的情况，跑较短时间比如1000步估计一步跑多长时间，自然知道总共需要花多长时间跑完

CUIGH · 发表于 Post on 2024-2-19 20:45:53

运行NAMD时会产生一个XX.log文件，他会记录还需要多长时间跑完任务（实际时间，不是CPU时间），而且30h也不是太长，我跑的都70h

yolo-bike · 发表于 Post on 2024-2-21 15:21:36

sobereva 发表于 2024-2-19 14:27
耗时随模拟步数线性增长。对于总共要模拟的步数已知的情况，跑较短时间比如1000步估计一步跑多长时间，自然 ...

受教了

yolo-bike · 发表于 Post on 2024-2-21 15:22:08

CUIGH 发表于 2024-2-19 20:45
运行NAMD时会产生一个XX.log文件，他会记录还需要多长时间跑完任务（实际时间，不是CPU时间），而且30h也不 ...

多谢~

yolo-bike · 发表于 Post on 2024-2-21 15:27:04

顺便问一下，log文件最后
WallClock: 569.015991 CPUTime: 569.015991 Memory: 0 kB
CPUTime单位是什么呀？

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[NAMD] 拉伸模拟天青蛋白，如何预测模拟时长？