分子结构优化S=O与咪唑环上N+的静电相互作用，出现结构不完整性

Shalomgao1234 · 发表于 Post on 2024-2-25 11:17:04

各位老师, 本人在做3个分子结构优化时遇到一些问题。先前采用6-31+G*进行结构优化时会出现结构性变化（包括一些新化学键形成和构形变化）。后在上述优化结构的轨迹里选用结构变化前的结构，进行微调后，使用M062X/6-311+G**进行优化。依然出现该现象（O-H键长变得很长，且link到了咪唑环的C 上）。我主要探究是分子内氢键，S=O 与咪唑环上N+的静电相互作用。我该如何操作啊？请指教。谢谢各位老师。(1个苯磺酸衍生物（有分子内氢键），2个非质子型Im ）
1.初步优化设置 # opt freq M062x/6-31+g(d) pop=nbo geom=connectivity
2.在此优化时的设置 # opt freq M062x/6-311+g(d,p) pop=nbo geom=connectivity

Shalomgao1234 · 发表于 Post on 2024-2-25 11:18:10

图1，6-31+G* 输入文件，图2 6-311+G** 输入文件，图3 6-311+G** 输出文件

sai77 · 发表于 Post on 2024-2-25 11:45:45

本帖最后由 sai77 于 2024-2-25 11:49 编辑

咪唑的结构对吗？怎么看着像氮杂环卡宾？
中间碳上没有H或者其它取代基？中间碳没有氢就成了碳负，肯定会攫取酸上的质子

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-25 19:24:30

Shalomgao1234 发表于 2024-2-25 11:18
图1，6-31+G* 输入文件，图2 6-311+G** 输入文件，图3 6-311+G** 输出文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-25 19:25:43

M062x/6-311+g(d,p)级别本身没问题
检查结构正确性，并且该带溶剂模型带溶剂模型

Shalomgao1234 · 发表于 Post on 2024-2-26 23:04:39

sobereva 发表于 2024-2-25 19:24
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

谢谢Sob老师！

Shalomgao1234 · 发表于 Post on 2024-2-26 23:07:43

sai77 发表于 2024-2-25 11:45
咪唑的结构对吗？怎么看着像氮杂环卡宾？
中间碳上没有H或者其它取代基？中间碳没有氢就成了碳负，肯定会 ...

是高斯软件系统判定成键的问题。本身是非质子型咪唑衍生物阳离子，系统判定像氮卡宾。

Shalomgao1234 · 发表于 Post on 2024-2-26 23:10:19

sobereva 发表于 2024-2-25 19:25
M062x/6-311+g(d,p)级别本身没问题
检查结构正确性，并且该带溶剂模型带溶剂模型

谢谢Sob老师。我重新调整了一下结构。貌似H原子没有跑飞。看样子是我把初始位置放的太靠近了，高斯判定在成键区间内。

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[Gaussian/gview] 分子结构优化S=O与咪唑环上N+的静电相互作用，出现结构不完整性