关于对蛋白施加相互作用的问题

xuxu · 发表于 Post on 2024-2-28 15:06:28

请问下大家，我想在蛋白两个区域之间加上一个作用力，请问除了在[ bonds ]中对两个原子间加简谐势以外，还有哪些方法呐？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-2-28 16:15:03

两个区域施加力不要用bonds，用pull

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-29 00:07:15

[ bonds ]通常是用来限制两部分不分离才用的，不是拿来加外力用的
pull专门设置怎么加外力，例如下文的情况
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程（含视频）
http://sobereva.com/153

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[GROMACS] 关于对蛋白施加相互作用的问题