团簇分析gmx cluster和gmx clustsize的应用

zhangfaxue

本人最终目的：想要得到体系中组分A形成的团簇大小、每个团簇中所含分子A的个数等。
1、我的想法是：需要根据gmx cluster归簇，设定归为一簇的判定标准（比如cut<0.5nm），再用gmx clustsize进行团簇分析吗？
2、判定团簇的标准依据通常是什么，可以根据该分子的径向分布函数的峰值所处位置来设定某范围内为一个团簇吗？还有没有更可靠的方法
3、gmx clustsize里面好像没有分析“每个团簇中所含分子A的个数”的功能，应该怎么分析呢？

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “团簇分析gmx cluster和gmx clustsize的应用” 改了，以后务必注意

根本不是用gmx cluster的场合。gmx clustsize可以告诉你簇尺寸的分布，即某一帧或者一段轨迹内平均来说，含有不同原子或分子的簇的数目。以及簇的数目、最大的簇的容量随时间的变化


根据原子/分子间的接触情况判断它们是否属于同一个簇

zhangfaxue

sobereva 发表于 2024-3-1 02:19
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师！下次发帖我一定注意
另外，想继续追问老师一个问题，比如gmx clustsize得到的aclust.xvg文件里这两列数据，第二列是指该时间对应的平均簇里所含原子数吗？使用命令gmx clustsize -f  xtc -s tpr -n ndx -ac avclust.xvg
原子数除以单个分子所含原子数就等于每簇所含分子数吗（第三列是我得到的数据）？我本来想用-mol直接计算所含分子数目但是提示错误

sobereva

zhangfaxue 发表于 2024-3-1 09:50
谢谢老师！下次发帖我一定注意
另外，想继续追问老师一个问题，比如gmx clustsize得到的aclust.xvg文件 ...

每个簇平均含的原子数
是

zhangfaxue

sobereva 发表于 2024-3-2 06:18
每个簇平均含的原子数
是

谢谢老师！