求助，进行蛋白配体的分子模拟时，蛋白的rmsd和rmsf不稳定该如何解决

ZLQ

使用14sb-gaff力场，图三红色黑色为蛋白的rmsd以及蛋白配体复合物的rmsd，绿色为配体的rmsd，蛋白波动较大，使用vmd查看配体一直在口袋里面，但是两者无法产生氢键，图一；然后蛋白的rmsf也是一个很大的波动，图二。所以想问一下这种情况该如何处理；图四，图五为蛋白质单独的100nsgromacs模拟的rmsd和rmsf。想问一下这种蛋白质有波动明显的结果能放在论文上面吗，主要的目的是来确定蛋白与配体结合的稳定性。

ZLQ

这个蛋白有两部分组成，中间连接在一起，感觉没有配体另一侧在不停发生旋转，导致rmsd及rmsf不稳定；但是两者之间也没有氢键结合就很奇怪，因为对接打分在-12,就是按理两者作用应该很强才对

wbqdssl

首先，补充信息应在原帖编辑，不应在下面继续回复。
1）RMSF看起来还行，RMSD可能确实是你说的，蛋白右侧那部分构象一直在变化导致RMSD波动。
2）对接得分没什么说服力，如果MD里结合不强那就是不强（前提是你MD的设置，参数等都合理）。
3）”但是两者之间也没有氢键结合就很奇怪“ 不要一上来就只关注氢键，影响蛋白-配体结合的除了氢键之外还有其他作用比如pi-pi stacking, pi-cation interaction等等。此外，还要看对接结果里，蛋白配体有没有非常明显的氢键。
4）”但是两者之间也没有氢键结合就很奇怪，因为对接打分在-12,就是按理两者作用应该很强才对“ 这种说法没什么因果关系，是典型的想当然的结论。对接得分好不证明MD里就能结合或相互作用就很强。对接看的只是个静态结构，您认为静态结构能说明问题还是MD这种考察动态行为的结果更准确？
5）具体如何解决，要看你进行MD模拟的目的是什么。

ZLQ

wbqdssl 发表于 2026-1-31 11:58
首先，补充信息应在原帖编辑，不应在下面继续回复。
1）RMSF看起来还行，RMSD可能确实是你说的，蛋白右侧 ...

感谢老师的回复，我算了一下两者的mmpbsa，大概-30,结合能力较强，关于模拟蛋白配体的结合，是想确定二者结合的稳定性，大概就是类似于选择蛋白抑制剂的一个模拟判断；然后我跑了三次，都是蛋白不是很稳定，然后我就将蛋白重新提取出来跑了100ns，发现确实是蛋白在模拟过程中波动较大，想问一下这种情况该如何解决，能放在论文上面吗。我补充了单独蛋白100ns的rmsd和rmsf

wbqdssl

ZLQ 发表于 2026-2-3 10:10
感谢老师的回复，我算了一下两者的mmpbsa，大概-30,结合能力较强，关于模拟蛋白配体的结合，是想确定二者 ...

个人认为可以：
1）绿色部分表示配体RMSD，很平稳（美中不足的是最后10ns有上升趋势，可以考虑再做一次模拟看看，或者延长模拟时间，遇到某些严格的审稿人可能会质疑这一点），这表示配体总体构象比较稳定，说明结合的还可以。
2）图中右侧蛋白不参与配体的相互作用，而且距离左侧结合口袋较远，和左侧那部分蛋白就通过几个残基连着。右侧那部分确实可能有比较大的构象变化（甚至是周期性的翻转，则这种情况下蛋白的RMSD确实就是个波动的趋势，这是蛋白结构本身带来的），但对你分析蛋白配体作用的影响不大。而且你做了三次模拟，且又单独做了蛋白的模拟证明RMSD波动确实是由于右侧蛋白带来的，所以我认为RMSD虽然波动大但也是可以接受的。但我仍建议延长模拟时间，看看最后能不能到比较稳定的情况。当前100ns确实短了点，可能不够复合物结构稳定。
3）你可以再比较一下蛋白配体复合物的RMSD是不是比纯蛋白的小，如果是，也可以侧面说明配体的结合稳定了结合口袋附近的残基，使RMSD下降。
4）再结合MM-PBSA，-30kcal/mol不错了。如果你是20~100ns轨迹抽的frame做的，那说明这段时间内配体结合的不错。再结合氢键数量、氢键寿命、这些证据加起来，我想足够说明结合情况
注：当前文章投稿，如果是纯计算的文章，100ns的模拟时间99%被拒。可以考虑加到500ns(或300ns做三次replica)比较保险。如果是实验+计算，那也建议加到200ns. 如果想更稳健地通过计算说明配体结合强弱，再加absolute binding free energy（ABFE）则非常完美。