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[GROMACS] 修改Gromacs参数文件中nsteps的数值,即步长*步数时需要注意什么?

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想问一下大家如果要调整模拟时间,在nsteps中修改步长*步数,这个步长和步数的值有设置范围吗?

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发表于 Post on 2024-3-7 03:56:07 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:






跑的总长度必须结合实际问题选择。诸如模拟水盒子的密度,跑个1ns也就足够得到统计误差较小的数据了,而模拟蛋白质的大幅构象变化,可能得跑几百ns甚至更长
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-7 17:53:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-7 03:56
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

...

谢谢老师

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