求助：如何统计gcmc在某个区域内插入的分子数目

dreamer123

如图所示，左边那个立方体是填充10Mpa甲烷的高压区high，右边是1Mpa甲烷的低压区low，使用fix gcmc命令分别对两个区域插入/删除甲烷分子。
用group type命令将C，H原子归为methane这个group，然后以methane为parent group对左右两个立方体以及中间狭缝region建立动态group，分别名为highmethane、lowmethane、poremethane。
输出highmethane、lowmethane、poremethane的原子数量和体系总原子数量，发现highmethane、poremethane的原子数量一直减少，而体系总原子数量不变。因为gcmc命令插入的甲烷分子没有被统计到这几个动态group中。
具体命令如下

thermo输出如下

模拟开始及结束的snapshot如下

dreamer123

已经解决了，fix gcmc中的group ID要和动态组的parent group相同，才能统计到gcmc插入的分子。

刘小胖

楼主问一下甲烷的化学势怎么计算的 我在另一个软件上算出来化学势 转化成lammps的对不上

dreamer123

刘小胖 发表于 2023-10-24 13:22
楼主问一下甲烷的化学势怎么计算的 我在另一个软件上算出来化学势 转化成lammps的对不上

我的方法不一定对的，而且也很笨，就是不断调整化学势，直到平衡时甲烷的密度在目标密度附近波动

miaof

刘小胖 发表于 2023-10-24 13:22
楼主问一下甲烷的化学势怎么计算的 我在另一个软件上算出来化学势 转化成lammps的对不上

Lammps中fix的widom命令可以算过剩的化学势在加上理想化学势就行了

Jerry_Fan

miaof 发表于 2023-11-25 21:40
Lammps中fix的widom命令可以算过剩的化学势在加上理想化学势就行了

我还有几个问题。
1、GCMC命令插入和删除粒子，并根据metropolis准则决定是否接受新构型，为什么还需要化学势呢？
2、计算化学势需要将粒子插入吸附的位置，并根据能量差异得到过化学势，再加上理想气体化学势。但是gcmc接受了一个构型之后，体系已经发生了变化，初始指定的化学势还合适吗？如果根据计算实时发生变化，是不是过于麻烦？
3、LAMMPS提供了一种忽略化学势的方法，即指定理想气藏压力的方法，并且可以指定逸度系数。纯水溶液也可以使用吗？在MS的sorption板块中，也只是输入逸度或者loading即可以进行吸附。

lltll

dreamer123 发表于 2023-10-18 21:20
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lltll

miaof 发表于 2023-11-25 21:40
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lammps自带的例子in.gcmc.lj中用variable             muex equal ${mu}-${temp}*ln(density*${lambda}+${nugget})直接计算出了过剩的化学势，想问一下，这里算出的过剩化学势和用fix widom计算的过剩化学势有联系吗？