求助：透明质酸链进行能量最小化时环断裂

jamesl · 发表于 Post on 2024-1-3 13:07:52

各位老师好，我在做透明质酸链的MD模拟时，使用2BVK中的4个透明质酸阴离子的核磁结构进行了量化计算（优化使用b3lyp/def2svp，计算单点使用M062X/ma-TZVP（-f）），将得到的结果分为四种残基，端基氧（DJO)、氮环（NAG）、氧环（BDP）和端基氮（DJD），并使用sob老师在计算RESP电荷那篇文章中给出的方法，分别限制了两个端基的总电荷为-1，氮环的总电荷为0，氧环的总电荷为-1计算了三次RESP电荷，进而生成了rtp文件，并在此基础上构建了10个透明质酸阴离子链，向其中加入了0.5M的锌离子，并用氯离子平衡了电荷，但是在进行能量最小化的过程中不收敛，使用vmd查看链的构型发现是端基氧环发生了断裂，请问这是什么原因导致的，应该怎样解决，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-4 10:04:07

我没时间细看，http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里提到一种情况倒是可以试试

发现是磺酸基上的氢在一瞬间跑到距离氧很近的地方去了。分析发现是由于这个基团上的氢带的电荷很正，氧的电荷很负，它们彼此间有1-4静电作用项因此有很强的静电吸引，再加上氢的质量很小、很容易运动，导致了上述看到的问题。像这种情况，可以把1-4作用项去了（从[ pairs ]中删除对应的），也可以把氢改成质量更大的重氢（在[ atoms ]里改原子质量）减缓其运动，或者用很小的模拟步长。

jamesl · 发表于 Post on 2024-1-4 10:24:59

sobereva 发表于 2024-1-4 10:04
我没时间细看，http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里提到一种情况倒是可以试试

好的，谢谢sob老师，我去看看

soft · 发表于 Post on 2024-4-11 11:06:06

你好，可以请教一下问题怎么解决的吗

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[GROMACS] 求助：透明质酸链进行能量最小化时环断裂

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