计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 564|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:2022版本的Gromacs如何实现只在xy实现周期性,z方向上为非周期性

[复制链接 Copy URL]

19

帖子

0

威望

121

eV
积分
140

Level 2 能力者

想请教一下大佬们,最近在研究CO2对狭缝中的油的影响,想控制CO2和油分子只在xy方向有周期性,在z方向上为非周期性,如何实现呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120179

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-1-27 14:23:55 | 只看该作者 Only view this author
最好画个示意图,否则难以准确回答

通常来说,非周期性方向可以考虑留出足够的真空区并用吸引势的wall挡着(如果分子有可能逸出的话)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

860

eV
积分
889

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2025-1-28 08:39:22 | 只看该作者 Only view this author
参考https://manual.gromacs.org/2022- ... ptions.html#mdp-pbc

pbc.png (106.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2022版本mdp文档pbc部分

2022版本mdp文档pbc部分

19

帖子

0

威望

121

eV
积分
140

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-28 17:03:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-27 14:23
最好画个示意图,否则难以准确回答

通常来说,非周期性方向可以考虑留出足够的真空区并用吸引势的wall挡 ...

谢谢sob老师的回复,示意图如下,留出足够的真空区域的话,是不是影响太大了?

示意图.png (39.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

示意图

示意图

19

帖子

0

威望

121

eV
积分
140

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-28 17:05:47 | 只看该作者 Only view this author
FrancisCho 发表于 2025-1-28 08:39
参考https://manual.gromacs.org/2022-current/user-guide/mdp-options.html#mdp-pbc?

谢谢,我想问一下,两堵墙只能是虚拟墙吗,还是说可以用一些碳板,金板之类的挡住两边,这样就相当于非周期边界了呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120179

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-1-28 19:42:27 | 只看该作者 Only view this author
sssyyuan 发表于 2025-1-28 17:03
谢谢sob老师的回复,示意图如下,留出足够的真空区域的话,是不是影响太大了?

如果你只是想考察CO2和油的接触部分的作用,两边直接用墙挡着就完了,真空区也不用留,这样还能节约耗时

虚拟墙能起到的效果和碳板之类实物原子构成的档板是类似的,你想用实物墙亦可。
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)的幻灯片:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 02:09 , Processed in 0.191477 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list