lammps模拟DMF得到的物性参数与实际值相差很大

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-3-11 11:26:25

【求助】用lammps模拟DMF（C3H7NO），NPT，但是得到的密度值与实际相差很大，LJ参数已经尝试了UFF、dreiding，最接近的误差也在30%，请问这种要怎么办吗，可以自己去拟合LJ参数吗，查过之前的帖子，有提到可以用CCSD（T）/aug-cc-pvtz做扫描，但是这个原子对有些多，不知道怎么实现。请问还有什么别的方法吗？

SAI · 发表于 Post on 2024-3-11 15:28:37

是否可以考虑用深度学习来拟合力场？
另外，请教一下，这种模拟除了密度，还关注哪些物性参数呢？

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-3-11 21:12:57

SAI 发表于 2024-3-11 15:28
是否可以考虑用深度学习来拟合力场？
另外，请教一下，这种模拟除了密度，还关注哪些物性参数呢？

深度学习你是说机器学习吗，这个研究太深入了。除了密度就还有表面张力、粘度之类的，看具体需求吧。

哒哒哒哒w · 发表于 Post on 2024-3-11 22:30:33

可以考虑做AIMD呢？会更精确一些，比如用CP2K、VASP什么的

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-12 09:53:25

UFF、dreiding这种通用力场显然甭指望能有多高的精度

这种有机小分子体系首先应当考虑的是通用的而且十分流行的描述有机分子的GAFF力场，可以用http://sobereva.com/soft/Sobtop创建拓扑文件（创建的是gromacs的拓扑文件，gromacs明显比lammps更适合算这类体系，速度快得多得多）。即便GAFF没法说得上多完美，毕竟不是DMF的专一性力场，但起码也比UFF、dreiding强多了，密度不可能差得那么离谱。对一般有机小分子GAFF模拟的密度一般也就百分之几以内的误差。

这种体系还轮不到用什么深度学习之类，本来就不是经典力场难描述的体系。

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-3-12 10:20:19

sobereva 发表于 2024-3-12 09:53
UFF、dreiding这种通用力场显然甭指望能有多高的精度

这种有机小分子体系首先应当考虑的是通用的而且十 ...

这就去看看，非常感谢！

无日白昼 · 发表于 Post on 2024-3-12 10:42:02

sobereva 发表于 2024-3-12 09:53
UFF、dreiding这种通用力场显然甭指望能有多高的精度

这种有机小分子体系首先应当考虑的是通用的而且十 ...

另外就是请问老师，我前两天在找力场的时候发现了这个网站http://polypargen.com/，可以自己画出分子结构，然后网站生成拓扑文件（itp、gro、data），用的是OPLS力场，和GAFF相比，对DMF来说哪个精度会更好呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-12 11:07:20

无日白昼发表于 2024-3-12 10:42
另外就是请问老师，我前两天在找力场的时候发现了这个网站http://polypargen.com/，可以自己画出分子结构 ...

可以对比测试。但我一律默认用GAFF（我讨厌OPLS-AA力场，原子类型名很恶心）

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