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[GROMACS] 求助:GMX中amber99力场下钾离子剧烈团簇问题

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楼主
我在之前做离子分离体系中因为有氨基酸的存在,所以采用amber力场,模拟了K、Li、Mg、Na这四种离子,发现K离子非常容易形成团簇。
于是我自己创建了一个60*30*40大小的盒子,单独存放K和水。分别使用了amber99和oplsaa力场,发现opls力场下K离子并不会形成团簇而amber力场下仍然会形成严重的团聚现象。
附件是amber力场下的K离子模型。用的是gmx2019.6的版本。
文献中也有采用amber模拟K离子,但好像并没有问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-11 09:26:03 | 只看该作者 Only view this author
md.gro是跑出来之后的轨迹

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发表于 Post on 2024-3-12 09:11:31 | 只看该作者 Only view this author
yixiansheng 发表于 2024-3-11 09:26
md.gro是跑出来之后的轨迹

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

AMBER力场自带的离子参数就那样,高浓度时容易结晶。本论坛里已经讨论过多次了,注意用论坛首页全文搜索框搜过往讨论。改用KBFF力场的离子参数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 10:50:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,下次会注意的

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