结构优化二维碳掺杂硒模型时，发生形变正常吗

ZPLLL

各位老师好，学生在做碳掺杂Se模型结构优化时，Se总是跑到碳网上面，想了解一下这正常吗，如果正常该如何解释；周边的碳和氢在初步结构优化后进行固定，计算级别为wb97xd/6-31g(d,p) ，最终结构收敛且无虚频；收敛结构如下图所示

sobereva

孔洞那么小，Se的半径那么大，显然跑到上面很正常

一定要注意半径的差异，比如下文2.3节的例子，Ne能嵌入到C18的中央，而半径更大的Ar就在上面呆着了
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）

ZPLLL

sobereva 发表于 2024-6-12 15:47
孔洞那么小，Se的半径那么大，显然跑到上面很正常

一定要注意半径的差异，比如下文2.3节的例子，Ne能嵌 ...

感谢社长答疑，我去拜读一下文章，再次感谢。

wzkchem5

做掺杂石墨烯，一定要避免的一个误区就是以为抠掉一个碳、再把你掺杂的原子放进去就完事了。很多元素掺杂石墨烯的时候根本不是这么掺杂的，可能石墨烯一个碳原子都没少，这个元素只能作为adatom附着在表面；或者石墨烯需要抠掉两个原子；或者元素掺杂后需要在附近某个位置补个氢；或者这个元素总是两个原子一起掺杂的，没办法在一个地方只掺杂一个原子；等等。
最简单的例子就是氧化石墨烯，你肯定没见过氧全部在石墨烯平面内的氧化石墨烯，对吧？实际上总是有大量环氧、羟基乃至羧基等基团，突出石墨烯的表面。Se和氧同族，除非你现在构建的结构有实验证据，否则没有任何理由相信抠掉一个碳、把Se填进去就完事了

ZPLLL

wzkchem5 发表于 2024-6-12 16:38
做掺杂石墨烯，一定要避免的一个误区就是以为抠掉一个碳、再把你掺杂的原子放进去就完事了。很多元素掺杂石 ...

谢谢老师的详细解答，增加了学生的知识储备，也知道了目前模型构建理由不充分，后续再去寻找实验上的数据之后在进行建模计算，感谢老师。