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[CP2K] CP2K计算环糊精接枝的COF与氨基酸分子的结构优化相互作用分析求助

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本帖最后由 红茶泡枸杞 于 2024-3-25 17:27 编辑

cp2k版本为2022.2,计算和分析环糊精接枝的COF和氨基酸之间的相互作用,尝试用cp2k计算文献中已有的例子,计算结合能差,如果我用最小晶胞,原子显示不全,如果构建2*2*1超胞,边界会有多余的原子,应该如何处理呢?我尝试把边界的原子都删了,只保留原始的COF六元环、环糊精和氨基酸分子,这样是变成孤立体系了吗?如果想以周期性体系计算,晶胞应该如何设置呢?如计算结合能差,需单独计算氨基酸分子的能量,小体系好像不适合用cp2k来算,这样看来好像用高斯以孤立体系来算更方便一点,不知道我理解的是否正确。COF如下图所示,计算采用的泛函和基组为PBE-D3(BJ)、DZVP-MOLOPT-SR-GTH,后续需要做AIM分析、IGMH分析、ESP分析。


202403251704255938..png (134.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

2*2*1

2*2*1

202403251704103989..png (87.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

最小晶胞

最小晶胞

S89{@PU3F@QJVKJDGR[D1QM.png (136.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

孤立体系

孤立体系

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文献中的例子

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发表于 Post on 2024-3-25 18:11:29 | 只看该作者 Only view this author
用CP2K计算完全适合

什么叫多余的原子,弄清楚什么叫周期边界条件,正确理解体系的周期性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 21:20:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-25 18:11
用CP2K计算完全适合

什么叫多余的原子,弄清楚什么叫周期边界条件,正确理解体系的周期性

社长您好,不知道我理解的是否正确,周期性边界条件可以重新再现完整的分子及其周围分子,消除边界效应,但要尽可能增大模拟体系的规模。上面说的多余的原子是指除原始COF六元环之外的原子,之前担心2*2*1这样会不会计算量过大,以及这样计算是否正确,我用同等水平的泛函和基组算氨基酸分子的能量可以吗?

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发表于 Post on 2024-3-26 00:46:03 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2024-3-25 21:20
社长您好,不知道我理解的是否正确,周期性边界条件可以重新再现完整的分子及其周围分子,消除边界效应, ...

COF六元环以外的不就是和它作用的那部分分子,怎么能叫多余的?如果你是指不希望那部分分子的周期镜像出现(随着扩胞一起出现的),把镜像部分删了就完了。

当前的2*2*1晶胞用CP2K跑得动

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 10:31:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-26 00:46
COF六元环以外的不就是和它作用的那部分分子,怎么能叫多余的?如果你是指不希望那部分分子的周期镜像出 ...

十分感谢社长的解答,我接下来用上面的图1的2*2*1晶胞计算试试看。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 15:26:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-25 18:11
用CP2K计算完全适合

什么叫多余的原子,弄清楚什么叫周期边界条件,正确理解体系的周期性

社长您好,我之前用图三计算,这个如果算完了结果能用来分析吗?六百多个原子,算了一周,现在还没有结束。

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发表于 Post on 2024-3-26 18:52:50 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2024-3-26 15:26
社长您好,我之前用图三计算,这个如果算完了结果能用来分析吗?六百多个原子,算了一周,现在还没有结束 ...

所以别用那种模型算,属于自取其辱
都会用CP2K干嘛不当成周期性算。用图3的结果更烂、又不省什么时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 20:24:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-26 18:52
所以别用那种模型算,属于自取其辱
都会用CP2K干嘛不当成周期性算。用图3的结果更烂、又不省什么时间

好的社长,感谢您的耐心解答。

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