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[CP2K] 关于从头算分子动力学模拟计算过程中羟基H飞出去的问题

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老师,用pbe/DZVP-MOLOPT-SR-GTH跑从头算分子动力学,温度设的398.15K,cutoff是750,CSVR热浴,这个羟基的H都飞出去了,无论设不设置隐式溶剂,都会这样,相关文件在附件中,还请老师指导下一下什么原因造成的,万分感谢。

202403232230577480..png (127.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202403232230577480..png

2layerLaOFOOH-pbeMD.inp

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发表于 Post on 2024-3-24 00:16:48 | 只看该作者 Only view this author
要求输出每一步SCF情况,确保SCF收敛没异常
并且步长需要至少减小一倍。含有氢,氢又不做约束,而且模拟温度不低,2 fs没法用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 00:49:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-24 00:16
要求输出每一步SCF情况,确保SCF收敛没异常
并且步长需要至少减小一倍。含有氢,氢又不做约束,而且模拟温 ...

好的,谢谢老师指导,大概明白了,我按照您的要求再试一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 23:09:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-24 00:16
要求输出每一步SCF情况,确保SCF收敛没异常
并且步长需要至少减小一倍。含有氢,氢又不做约束,而且模拟温 ...

请问老师,在cp2k里面,跑MD的时候,怎么给氢做约束呀,我在讲义里好像没有找到,可能是我没找对地方

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发表于 Post on 2024-3-25 11:20:56 | 只看该作者 Only view this author
ddddnight 发表于 2024-3-24 23:09
请问老师,在cp2k里面,跑MD的时候,怎么给氢做约束呀,我在讲义里好像没有找到,可能是我没找对地方

第三届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里说了

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 15:22:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ddddnight 于 2024-3-25 22:27 编辑
sobereva 发表于 2024-3-25 11:20
第三届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里说了 ...

好的老师,谢谢您,想买第三届的课程,但是我们老师那边出差了,需要要他签字。上次您说的对第一届学生的优惠政策是到什么时候截止呀。

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发表于 Post on 2024-3-26 00:39:00 | 只看该作者 Only view this author
ddddnight 发表于 2024-3-25 15:22
好的老师,谢谢您,想买第三届的课程,但是我们老师那边出差了,需要要他签字。上次您说的对第一届学生的 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 09:44:27 | 只看该作者 Only view this author

好的,老师,感谢

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发表于 Post on 2024-3-26 15:05:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-25 11:20
第三届的北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里说了 ...

老师我印象中第一届好像没有CV这块的内容,第三届关于CV变量这块增加的部分多吗

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发表于 Post on 2024-3-26 18:46:59 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2024-3-26 15:05
老师我印象中第一届好像没有CV这块的内容,第三届关于CV变量这块增加的部分多吗

CV是以后要举办的第一性原理扩展班主要涉及的,CP2K第一性原理计算培训班里只是在极少数地方涉及了
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