求助TiO2水体系使用QMMM做分子动力学时出错

AnitaHailey · 发表于 Post on 2024-4-3 16:13:30

请教一下各位老师，使用TiO2水体系做分子动力学出现这样的情况应该怎么处理，结果一直重复这一步骤
GENERATE| WARNING in connectivity generation!
GENERATE| Two molecules/residues named (MOL1) have different number of atoms.
GENERATE| Molecule starting at position (124) has Nr. <0> of atoms.
GENERATE| while the other same molecules have Nr. <438> of atoms!
GENERATE| Increasing bondparm_factor by 1.05.. An error was found in the generated
GENERATE| connectivity. Retry...
GENERATE| Present value of BONDPARM_FACTOR ( 1.273388 ).

QMMM.txt (222.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 16:59:05

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

输入文件都没有，谁都不知道你怎么算的

优化和动力学完全是两码事，帖子标题有严重歧义

AnitaHailey · 发表于 Post on 2024-4-3 17:38:59

sobereva 发表于 2024-4-3 16:59
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

抱歉，sob老师，已修改，并附上输入文件

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 18:19:25

AnitaHailey 发表于 2024-4-3 17:38
抱歉，sob老师，已修改，并附上输入文件

随便一看就发现严重问题，诸如PARM_FILE_NAME居然跟的是gromacs的itp文件，CP2K根本就不支持
我强烈建议你在跑当前这种混合体系之前，先弄明白CP2K里怎么基于力场把水盒子这种最简单的体系跑起来

AnitaHailey · 发表于 Post on 2024-4-3 18:41:57

sobereva 发表于 2024-4-3 18:19
随便一看就发现严重问题，诸如PARM_FILE_NAME居然跟的是gromacs的itp文件，CP2K根本就不支持
我强烈建议 ...

好的多谢sob老师

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[CP2K] 求助TiO2水体系使用QMMM做分子动力学时出错