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[GROMACS] Gromacs做固液界面模拟,液体远离固体界面是为什么?

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本帖最后由 wangzilong0709 于 2025-1-24 17:55 编辑

各位老师,我在用Gromacs做钠金属负极和电解液固液界面的模拟时候,在经过一个npt后发现电解液和固体界面有很大的缝隙,请问是什么原因?对金属钠负极我使用的是[ position_restraints ],refcoord-scaling = com,mdp和top文件如下


298K.mdp (3.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)
posre.itp (195 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12)
top.top (13.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

npt前,经过能量最小化后的模型如下,不会有液体远离固体界面的问题:





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发表于 Post on 2025-1-25 11:11:44 | 只看该作者 Only view this author
显然不该用各向同性控压。应当用semiisotropic
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-20 15:40:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-1-25 11:11
显然不该用各向同性控压。应当用semiisotropic

感谢社长回复!
但我使用了semiisotropic还不是行,我的使用pcoupl= C-rescale,分别调整了compressibility的数值,结果如下:
compressibility= 4.5e-5 4.5e-5



compressibility= 0 4.5e-5


compressibility= 4.5e-5 0



compressibility= 1e-6 4.5e-5


液体和金属界面均有明显分离。下面是我的所有输入文件
298K.mdp (3.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)
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发表于 Post on 2025-2-20 16:28:19 | 只看该作者 Only view this author
wangzilong0709 发表于 2025-2-20 15:40
感谢社长回复!
但我使用了semiisotropic还不是行,我的使用pcoupl= C-rescale,分别调整了compressibil ...

不排除是力场参数有问题的可能性

也可以测试调调Z方向的可压缩系数、压力看看情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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