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[GROMACS] 如何针对CO2溶解度的计算与建模?

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各位老师同学好,我最近在研究CO2在甲醇中的溶解度的模拟,我检索了一些文献,但是在这些文献中对于建模的描述都十分模糊,如下,都提到使用packmol去进行建模,但是我有一个疑问就是我怎么保证填充进去的是饱和的,难道是需要一次次去试,直到添加到报错不能添加为止嘛?如果各位老师同学也有对此有研究的,想请教一下你们如何去分析溶解度的,如何去建模的?
  1. Packmol is used to prepare the simulation boxes of the initial parameters of substances used in the simulation process.
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  1. The ILs, tert-butyl alcohol and n-heptane molecules were set to 440, 350 and 550 respectively according to a certain proportion to construct the simulation system. The packmol program to put ILs, tertiary butanol, and n-heptane in the same simulation box, fill the two ends of the cube box.
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发表于 Post on 2024-4-9 22:06:14 | 只看该作者 Only view this author
一次次试,或者根据已知的密度信息确定填入的分子数。对于NPT,也不需要过于讲究,NPT可以自发调节盒子尺寸变成该有的密度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-10 10:00:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moni0823 于 2024-4-10 10:34 编辑
sobereva 发表于 2024-4-9 22:06
一次次试,或者根据已知的密度信息确定填入的分子数。对于NPT,也不需要过于讲究,NPT可以自发调节盒子尺寸 ...

好的,非常感谢sob老师的解答,但是我还有一个疑问,使用gromacs在计算溶解度的时候,除了上述的建模方法,还有其他一些比较常见的方法去建模并计算溶解度?

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