使用gmx hbond -ac计算氢键寿命遇到的问题

Sunca · 发表于 Post on 2024-10-29 22:36:56

本帖最后由 Sunca 于 2024-10-29 22:45 编辑

1.ac.xvg文件中哪一项代表氢键的自相关函数，哪一项代表积分后的氢键平均寿命，也就是gromacs手册里的C(τ)和τHB
2.我模拟的体系有10条多糖链，我要计算所有分子链间氢键的平均寿命的话，应该两两之间求hbond ac然后求和再除以分子对数吗
3.我模拟了400ns，但是ac.xvg里面只有一半轨迹4999帧=200ns，设置了-acflen -1和-acflen 10000也没用，怎样得到整个轨迹的ac

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-30 01:43:22

直接从gmx hbonds输出信息里读HB lifetime就完了，不需要自己积分

Sunca · 发表于 Post on 2024-10-30 17:21:47

本帖最后由 Sunca 于 2024-10-30 17:38 编辑

sobereva 发表于 2024-10-30 01:43
直接从gmx hbonds输出信息里读HB lifetime就完了，不需要自己积分

谢谢老师！我还是有些问题不太明白：
1.积分的结果指的是图中integral：17902.662ps吗

2.我的理解是integral表示整个模拟过程中的所有氢键的平均寿命为17902.662ps，如果我做的是一个升温模拟，氢键寿命肯定会随温度（时间）变化，我怎么得到不同模拟时间的氢键寿命
3.hbond_ac.xvg中第一列和第二列都是氢键自相关函数，二者有什么区别？文献中一般用来比较的氢键稳定性（强度/寿命）的图用的是第一列还是第二列
4.我模拟了400ns，但是ac.xvg里面只有一半轨迹4999帧=200ns，而且其中的第一列小于0了，这正常吗

5.我模拟的体系有10条多糖链，我要计算所有分子链间氢键的平均寿命的话，应该分子链两两之间求hbond ac然后求和再除以分子对数吗

iyy · 发表于 Post on 2025-6-4 14:58:24

您好，请问关于hbond_ac.xvg中第一列和第二列二者的区别以及使用哪列数据比较氢键稳定性的问题解决了吗?目前我存在同样的疑惑

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 使用gmx hbond -ac计算氢键寿命遇到的问题

浏览过的版块