分子模拟模型中，蛋白质氨基酸残基缺失的问题

CHJ2841666311 · 发表于 Post on 2024-4-22 20:18:09

本帖最后由 CHJ2841666311 于 2024-4-22 20:20 编辑

请问各位老师，我用charmm-gui搭建蛋白质配体复合物模型，模型的蛋白质部分出现部分氨基酸缺失，目前已经跑完了100ns。想问一下各位老师，出现氨基酸残基缺失的模型，是不是就不合理，不应该使用该模型？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-23 08:38:43

取决于具体缺了哪里，是否是感兴趣的区域、是否对整体构象产生显著影响。
我从来不用CHARMM-GUI，如果你提供的蛋白质本身是完整的，这个程序莫名其妙把一部分搞没了，强烈建议用gromacs的mdrun支持的membed方法实现蛋白质插入膜，这是原理上最为理想的把蛋白质插入膜的方法，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面讲膜蛋白的模拟部分我给了完整具体的例子。

CHJ2841666311 · 发表于 Post on 2024-4-23 10:08:02

sobereva 发表于 2024-4-23 08:38
取决于具体缺了哪里，是否是感兴趣的区域、是否对整体构象产生显著影响。
我从来不用CHARMM-GUI，如果你提 ...

谢谢sob老师，当时图省事，用了CHARMM-GUI搭建，我按照sob老师建议，用gromacs搭建模型。

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