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[Amber] 求助:使用antechamber生成mol2出现sqm.in的报错

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想问一下各位大神,根据amber教程输入了
antechamber -i bmi[url=].pdb -fi pdb -o bmi.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0[/url]

的指令,bmi.pdb文件是由gaussview生成的优化后的bmim文件
执行后出现以下报错,求助各位大佬是什么情况
参照贴是amber的教程,Simulations of a room-temperature ionic liquid (ambermd.org)
新手刚开始学习,求助各位大佬,感激万分!

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发表于 Post on 2024-4-22 06:34:30 | 只看该作者 Only view this author
mol2里成键方式如果不满足经典Lewis结构的话,可能造成antechamber没法处理。可以尝试GaussView调整成键关系重新保存mol2,或尝试用pdb文件,或者openbabel把pdb转成的mol2当输入文件

顺带一提,这种体系用gromacs模拟极为适合,明显更为灵活,速度更快,用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)可以顺利创建基于GAFF的拓扑文件而不会遇到这些破事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-23 00:47:52 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob大佬!已解决!(献花)

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