pdb2gmx 给多肽多加了氢

社会主义小战士

如题。
各位前辈五一好！
我在用pdb2gmx生成一条多肽（X-ALA-ALA-GLY-ASP，X为端修饰基团）
的top参数时，第二个残基ALA酰胺键的N原子总是多加了氢，这是什么原因呢？
PDB:
ATOM    131  N   ALA     2       6.556   8.668   1.092                       N
ATOM    132  H   ALA     2       7.067   8.826   1.937                       H
ATOM    133 CA   ALA     2       5.628   9.669   0.608                       C
ATOM    134 HA   ALA     2       5.937  10.003  -0.383                       H
ATOM    135 CB   ALA     2       4.213   9.108   0.515                       C
ATOM    136  C   ALA     2       5.590  10.874   1.537                       C
ATOM    137 HB1  ALA     2       3.887   8.778   1.501                       H
ATOM    138 HB2  ALA     2       3.538   9.881   0.149                       H
ATOM    139 HB3  ALA     2       4.203   8.262  -0.173                       H
ATOM    140  O   ALA     2       6.311  10.898   2.568                       O


TOP:
; residue   2 ALA rtp NALA q +1.0
   131         N3      2    ALA      N      131   -0.589266      14.01
   132          H      2    ALA     H1      132    0.446422      1.008
   133          H      2    ALA     H2      133    0.446422      1.008
   134          H      2    ALA     H3      134    0.446422      1.008
   135         CT      2    ALA     CA     135    0.113871      12.01
   136         HP      2    ALA     HA     136    0.06715       1.008
   137         CT      2    ALA     CB     137  -0.204113       12.01
   138         HC      2    ALA    HB1    138    0.063056      1.008
   139         HC      2    ALA    HB2    139    0.063056      1.008
   140         HC      2    ALA    HB3    140    0.063056      1.008
   141          C      2    ALA      C       141    0.676687      12.01
   142          O      2    ALA      O      142  -0.592764       16    ; qtot 1.055

z9527567

N端的氮带电，不封端都是这样的。

社会主义小战士

z9527567 发表于 2024-4-28 21:37
N端的氮带电，不封端都是这样的。

N端连接了一个修饰基团的，所以这里正常来说应该是这样的：
   131          N      2    ALA      N      131   -0.589266      14.01
   132          H      2    ALA      H      132    0.446422      1.008
   135         CT      2    ALA     CA     135    0.113871      12.01
   136         HP      2    ALA     HA     136    0.06715       1.008
   137         CT      2    ALA     CB     137  -0.204113       12.01
   138         HC      2    ALA    HB1    138    0.063056      1.008
   139         HC      2    ALA    HB2    139    0.063056      1.008
   140         HC      2    ALA    HB3    140    0.063056      1.008
   141          C      2    ALA      C       141    0.676687      12.01
   142          O      2    ALA      O      142  -0.592764       16    ; qtot 0

社会主义小战士

社会主义小战士 发表于 2024-4-28 21:56
N端连接了一个修饰基团的，所以这里正常来说应该是这样的：
   131          N      2    ALA      N    ...

但是现在得到的就是N端的N另外多接了2个H

z9527567

连接的X力场参数是什么样子的，你得把X的形式做成残基的样子，否则N端的ALA总是被认为是NALA。

社会主义小战士

z9527567 发表于 2024-4-28 23:53
连接的X力场参数是什么样子的，你得把X的形式做成残基的样子，否则N端的ALA总是被认为是NALA。

您好，与多肽相连的非标准残基没什么问题，但是跟非标准残基相连的那个氨基酸总是被判定为N端导致最后参数多加了2个H。
所以想请教一下这个该怎么解决呀？

z9527567

模仿力场里的写吧

社会主义小战士

z9527567 发表于 2024-4-30 13:06
模仿力场里的写吧

感谢！！！已解决！！！