求助：做了一个500aa大小的二聚体蛋白模拟，200ns，审稿人提出rmsd未达到收敛

胡枝子

做了一个500aa大小的二聚体蛋白模拟，模拟时长200ns，审稿人提出rmsd未达到收敛。
问题1：Although each system deviates by 1 nm after 200 ns it does not mean the structures have stabilized or that the structures are similar. It would be true if the RMSD was small ~0.1 to 0.2 nm but 1 nm provides much scope for variation. This is always a challenge with large proteins.

问题2： To unambiguously interpret fluctuation data the simulations would need to be a) fully relaxed and then b) extensively sampled".

对于问题1，我导出了我的RMSD的具体数值，最大在1.4nm，最小在0.8左右（除去刚开始的上涨），这个差距会很大吗？审稿人要求RMSD要在0.1~0.2之间波动，不知道怎么回答。。。
对于问题2，其实我不太看得懂，我学习MD也没有很长时间，还是个新手，有没有大佬帮忙解释解释

我做MD主要目的是蛋白建模后看一下体系稳定程度，除了RMSD还做了RMSF，看了下蛋白各个区域的柔性。
组里只有我和一个师姐在自学这个，太难了，求大佬帮忙！

beyond

问题1， 你的RMSD太大了，0.8-1.4 nm，还是比较大的，你可以把你的图片贴出来，还有计算方法简单说一下，你的体系也不算大，RMSD值一般也不至于这么大。。。

问题2，简单点说，就是说你模拟时间不够长，是说要你延长模拟时间，到500ns，或者1us。。。

胡枝子

beyond 发表于 2024-5-2 04:48
问题1， 你的RMSD太大了，0.8-1.4 nm，还是比较大的，你可以把你的图片贴出来，还有计算方法简单说一下，你 ...

图贴出来了
我这个是500aa的单体，所以二聚体的话整个模拟体系一共是1000多aa。
CHARMM36力场+Cgenff
做完后用 trjconv -pbc whole, -pbc nojump -ur compact, -fit rot+trans -center 处理
后面算RMSD是设置了组，然后ChainA和ChainB分开算的RMSD

这篇文章是同源建模做了分子对接，然后做的MD，我是否可以做一个晶体模板的MD做对比？