在进行pull的时候是否需要对质心进行平转动限制？

姜酱将

如题，我在进行pull时，想把右侧的油分子压入孔隙中，但出现了油侧油一进去，左侧的板子就会往左移动，我个人认为是为了保证质心的不变，所以左边的体系会往左走。如何避免这种情况，我想实现的是左右板子同时向中间压缩。下面是我的pull过程代码，请各位指点一下


; title       = constant-force
define      =
; Run parameters
integrator  = md
dt          = 0.00001
tinit       = 0
nsteps      = 1000000    ; 10 ps
nstcomm     = 1000
; Output parameters
nstxout     = 1000    ;
nstvout     = 1000
nstfout     = 1000
nstxout-compressed   = 1000       ;
nstenergy   = 1000
comm-grps   =  middle  sgl          ;这里的sgl是我中间的孔隙
comm-mode   =  Angular
; Bond parameters
;constraint_algorithm    = lincs
;constraints             = h-bonds
;continuation            = yes       ; continuing from NPT
; Single-range cutoff scheme
cutoff-scheme   = Verlet
;ns_type         = grid
rcoulomb        = 1.5
rvdw            = 1.5
; PME electrostatics parameters
coulombtype     = PME
; optimize_fft    = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2 0.2
tc_grps = vel fixed
ref_t   = 418 418
;
; Pressure coupling is on
;Pcoupl          = Berendsen
;pcoupltype      = semiisotropic
;tau_p           = 5.0      
;compressibility = 4.5e-5
;ref_p           = 1.0
;refcoord_scaling = com
; Generate velocities is off
gen_vel     = no
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc     = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr    = no
;Pull code
pull                     = yes
pull-ngroups             = 3
pull-ncoords             = 2
pull-group1-name         = left
pull-group2-name         = right
pull-group3-name         = middle

pull-coord1-type         = constant-force
pull-coord1-geometry     = direction-periodic
pull-coord1-groups       = 1 3
pull-coord1-vec          = 1 0 0
pull-coord1-dim          = Y N N
pull-coord1-k            = 927.41 ; avoid forces working directly on this distance

pull-coord2-type         = constant-force
pull-coord2-geometry     = direction-periodic
pull-coord2-groups       = 2 3
pull-coord2-vec          = -1 0 0
pull-coord2-dim          = Y N N
pull-coord2-k            = 684       ; avoid forces working directly on this distance

;
freezegrps  = fixed left right
freezedim   = y y y n y y n y y
constraints = hbonds

姜酱将

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